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澳门金沙游戏曹志偉教授課題組研發糖蛋白抗原空間表位預測平臺

發佈時間:2019-07-03  

    當外源性抗原侵入生物體時 ,抗原 - 抗體的特異性結合是去除病原體的關鍵步驟。準確識別與抗體結合的空間表位對於疫苗的合理設計,免疫診斷和抗體篩選具有重要的指導意義  。傳統的表位識別方法通常需要大量的實驗 ,甚至是結晶結構,這是耗時且勞動強度大的 。如果使用計算方法,可以快速準確地定位表位 。先前的空間表位預測算法集中於裸蛋白抗原  。然而,抗原蛋白的糖基化對錶位具有很大影響,迫切需要一種適用於糖蛋白抗原的空間表位預測算法。

澳门金沙游戏曹志偉教授長期致力於免疫識別算法的研究 。他在2009年和2014年在國際知名學術期刊《Nucleic Acids Research》上發表了單獨的表預測在線工具SEPPA1.0。 】和SEPPA2.0 [2] 。 SEPPA已成爲B細胞表位領域的基準技術。最近,該研究小組在表位預測算法領域取得了新的突破 。 2019年5月22日 ,一篇題爲“SEPPA 3.0增強的空間表位預測使糖蛋白抗原成爲可能”的研究論文在線發表於《Nucleic Acids Research》。在這項工作中,研究人員充分考慮了糖基化位點對空間微環境的影響 ,設計了一個與糖基化相關的新分類參數  ,並引入了反向“校正”,並開發了糖蛋白抗原空間表位預測算法SEPPA 。 3.0 。 SEPPA 3.0計算平臺的引入不僅刷新了常見蛋白抗原空間表位預測的最高性能,而且填補了糖蛋白抗原空間表位預測領域的空白 ,爲合理設計提供了計算支持 。疫苗 。

這項工作是在曹志偉教授和齊天一博士的共同指導下完成的 。曹志偉教授是主要通訊員,田天一博士是合着者。曹志偉教授2016年碩士生周晨和2017年碩士生陳子凱是本文的共同第一作者,澳门金沙游戏是第一個通訊單位。該研究得到了國家重點研發計劃 ,中央大學跨項目和上海揚帆計劃的支持。

論文鏈接https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz413/5494762。

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[1]孫杰  ,等,曹志偉 。 SEPPA:用於蛋白質抗原的空間表位預測的計算服務器 。 Nucleic Acids Research,37,W612-W616。

[2] Qi T,et al ,Cao ZW#。 SEPPA 2.0-更精緻的服務器 ,用於預測空間表位 ,考慮免疫宿主的種類和蛋白質抗原的亞細胞定位。 Nucleic Acids Research,42  ,W59-W63。

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